Pergeseran arah pembangunan dari pertanian menuju kelautan dan perikanan menemui banyak tantangan dari sisi structural dan kultural. Secara structural, terjadi tumpeng tindih dalam kelenbagaan sehingga menghambat perlaksanaan kebijakan. Dam hal birokrasi, koordinasi antar Lembaga masih sulit dilaksanakan karena tiap Lembaga dan birokrasi menjadi tantangan terbesar. Ternyata, kita perlu waktu yang lebih lama untuk mengubah mind set dari pertanian ke kelautan dan perikanan.