Nusantara Indonesia mempunyai aspek strategis bagi pergerakan manusia, omoditas barang dan jasa, serta kekuatan militer. Dinamika dan pergerakan ekonomi, sosial, politik, dan pertahanan keamanan menempatkan Nusantara Indonesia sebagai titik sentral perebutan kepentingan regional dan global.

Indonesia harus memberikan dan menyediakan lintas navigasi di Nusantara. Lintas navigasi tersebut digunakan oleh kapal ataupun pesawat udara asing dalam bentuk lintas damai; lintas transit; lintas alur laut kepulauan; serta lintas akses dan komunikasi. Penyediaan hak lintas navigasi bagi kapal dan pesawat udara asing ini sepertinya ‘harga’ yang harus dibayar oleh Indonesia karena Nusantara telah diterima dalam Konvensi Hukum Laut 1982. Indonesia harus dapat menjamin keamanan dan keselamatan kapal dan pesawat udara asing yang melintas di Nusantara. Pada kenyataannya timbul berbagai permasalahan dan insiden terkait dengan lintas navigasi antara lain: TSS, Insiden Lusitania Expresso (Maret 1992) di Laut Timor, Penutupan Selat Sunda dan Selat Lombok (September 1988), Insiden Bawean/F-18 Hornet (Juli 2003), dan Flight Information Region (FIR) di Laut Natuna.

Fenomena geografis yang unik membuat Nusantara akan selalu menghadapi berbagai permasalahan di laut. Hal ini disebabkan aturan yang belum lengkap, kurangnya sarana dan prasarana, serta cara pandang bangsa Indonesia yang belum sepenuhnya melihat laut sebagai masa depan bangsa Indonesia akhirnya, Nusantara akan terus memanggil dan meminta untuk menjaga dengan lebih baik demi kemakmuran dan kesejahteraan seluruh rakyat Indonesia.