Pengelolaan DAS merupakan upaya untuk mengelola hubungan timbal balik antara sumber daya alam dengan sumber daya manusia dengan segala aktivitanya agar terwujud kelestarian dan keserasian ekosistem serta meningkatnya kemanfaatan sumber daya alam bagi manusia secara berkelanjutan. Seiring dengan pertumbuhan penduduk yang cepat, tekanan pada ekosistem DAS yang disebabkan oleh aktivitas masyarakat semakin meningkat pula. Selain banyak efek hidrologi akibat urbanisasi, para pengambil keputusan sering dihadapkan konflik antara mempertahankan pertumbuhan ekonomi, dan mempertahankan sumber daya air sungai dan lingkungannya.

Dalam pengelolaan DAS, selain mempertimbangkan faktor biofisik dari hulu sampai hilir, juga perlu mempertimbangkan faktor sosial-ekonomi, kelembagaan, dan hukum. Pengelolaan dilakukan secara menyeluruh mulai keterpaduan kebijakan, penentuan sasaran dan tujuan, rencana kegiatan, implementasi program yang telah direncanakan serta pemantauan dan evaluasi hasil kegiatan secara terpadu. Pentingnya asas keterpaduan dalam pengelolaan berkaitan erat dengan ekosistem daerah aliran sungai. Ekosistem ini merupakan sistem yang melibatkan berbagai komponen biogeofisik, sosial ekonomi dan budaya yang saling berinteraksi dengan lainnya. Kompleksitas ekosistem DAS mensyaratkan suatu pendekatan pengelolaan yang bersifat multi-sektor, lintas daerah dan dengan kepentingan masing-masing serta mempertimbangkan prinsip saling ketergantungan.