Sekretariat DP-KTI memiliki tugas untuk merumuskan, menetapkan, dan mengevaluasi kebijakan serta program prioritas pembangunan Kawasan Timur Indonesia (KTI). Mereka mengumpulkan kebijakan serta hasil pelaksanaan kebijakan dari berbagai kalangan untuk menyiapkan kebijakan pembangunan KTI. Dalam buku "PERKEMBANGAN KEBIJAKAN PERCEPATAN PEMBANGUNAN KAWASAN TIMUR INDONESIA," mereka mengevaluasi hasil kebijakan strategis, serta merumuskan kebijakan baru yang diperlukan untuk percepatan pembangunan KTI. Meskipun hasil kebijakan periode 1999-2004 positif, masih diperlukan kebijakan terobosan untuk mengoptimalkan potensi pembangunan di masa depan.