Posisi geografi Indonesia mengandung keuntungan atau peluang-peluang yang dapat dieksploitasi, dan juga mengandung kerugian berupa ancaman dan gangguan terhadap Keamanan Nasional yang berdampak pada Pertahanan Negara, yang mungkin dilakukan oleh negara atau oleh aktor-aktor bukan negara (non state actors). Secara nyata bentuk - bentuk ancaman dan gangguan terhadap keamanan nasional suatu negara termasuk Indonesia telah sedemikian berkembang tidak hanya berbentuk ancaman ancaman militer tetapi juga berbentuk ancaman - ancaman non militer berupa teror dengan menggunakan teknologi canggih dan bersifat lintas negara. Ancaman teror tidak hanya berbentuk teror konvensional berupa bom tetapi juga sangat mungkin berpotensi menggunakan bahan biologi sebagai persenjataan biologi maupun kimia dan bahkan persenjataan nuklir.