Banyak pelajaran yang dapat ditarik dari hasil-hasil penelitian yang telah dilakukan, di antaranya konflik horisontal yang terjadi antar komunitas yang mengatasnamakan agama seperti Ambon, Maluku, Poso, Sulawesi Tengah ternyata pada awalnya bukanlah konflik berdasarkan karena perbedaan agama, tetapi agama dalam konflik tersebut lebih banyak sebagai faktor pengiring yang mengingatkan eskalasi konflik. Identitas keagamaan telah dimanfaatkan sebagai alat yang efektif untuk mencari dukungan, legitimasi dan memperkuat posisi masing-masing kelompok yang berkepentingan.