Sejak Indonesia merdeka, Amerika Serikat telah mengirimkan tim intelijennya, OSS, pendahulu CIA. Tujuannya untuk menghindarkan Indonesia jatuh ke tangan komunis. CIA berusaha menyingkirkan Soekarno dengan berbagai cara, bahkan pembunuhan. CIA mendukung lawan politik PKI dalam pemilihan umum dan menyokong pemberontakan PRRI/Permesta. Upaya CIA baru berhasil setelah peristiwa Gerakan 30 September 1965.

CIA membantah terlibat dalam kudeta itu. Namun, dokumen-dokumen rahasia dan pengakuan para mantan petugasnya menunjukkan bahwa CIA jelas berperan dalam peristiwa berdarah itu, yang diikuti pembunuhan massal anggota dan simpatisan PKI. Bahkan, CIA menjadikannya sebagai model untuk menjatuhkan pemerintahanpemerintahan yang tidak disukainya, seperti di Chile.