"Prinsip Clean Govemment dan Good Governance, secara universal diyakini menjadi prinsip yang diperlukan untuk memberikan pelayanan prima kepada masyarakat. Berkaitan dengan hal tersebut. program utama yang dilakukan pemerintah adalah membangun aparatur negara melalui penerapan reformasi birokrasi. Sebagai bagian unsur pelaksana pemerintahan, Kementerian Pertahanan telah melaksanakan Reformasi Birokrasi sejalan dengan program reformasi yang dicanangkan pemerintah.
Dimulai pada tahun 2008, Kementerian Pertahanan telah melaksanakan reformasi birokrasi internal dengan agenda reformasi birokrasi mencakup 3 (tiga) aspek yaitu aspek penataan kelembagaan (organisasi), penataan ketatalaksanaan (manajemen) dan penataan sumber daya manusia (SDM). Pada tahun 2009, Kementerian Pertahanan melaksanakan Focused Group Discussion (FGD) yang menghasilkan rumusan agenda reformasi birokrasi Kementerian Pertahanan terhadap 8 (delapan) area perubahan yaitu: Peraturan Perundang-undangan yang tumpang tindih, Organisasi Kementerian Pertahanan masih terlalu gemuk sehingga kurang efektif dan efisien; Tatalaksana belum optimal dalam implementasi SOP dan pemanfaatan e-government, Sistem Manajemen SDM Aparatur belum optimal, karena penempatan pegawai belum sesuai dengan kompetensi yang dipersyaratkan; Pengawasan, peran Aparat Pengawasan Intern Pemerintah (APIP) masih perlu ditingkatkan kualitasnya; Akuntabilitas Kinerja belum optimal dan perlu ditingkatkan; Pelayanan Publik perlu ditingkatkan dengan mensosialisasikan standar pelayanan publik; serta pembentukan Tim Monitoring dan Evaluasi (Monev).
Dalam mengatasi permasalahan di atas, berturut-turut pada Tahun 2010 sampai dengan 2014, Kementerian Pertahanan melaksanakan Road Map Reformasi Birokrasi Kemhan Tahun 2010-2014 yang mencakup 9 program yaitu Manajemen Perubahan, Penataan Peraturan Perundang- undangan, Penataan dan Penguatan Organisasi, Penataan Tatalaksana, Penataan Sistem Manajemen SDM Aparatur, Penguatan Pengawasan, Penguatan Akuntabilitas Kinerja, Peningkatan Pelayanan Publik, serta Monitoring dan Evaluasi. Tahapan kerja dilakukan secara sistematis, menyeluruh, dan berkelanjutan guna pembenahan birokrasi Kementerian Pertahanan."