Selama lebih dari enam dasawarsa, pengelolaan kawasan perbatasan masih menghadapi masalah dalam hal keamanan dan kedaulatan; kesejahteraan dan perlindungan rakyat; pelayanan publik dan sarana-prasarana; tata kelola dan keberlanjutan lingkungan; ketergantungan pada negara tetangga; kejahatan lintas perbatasan; pengamanan, pengelolaan dan perlindungan aset nasional; dan desentralisasi pemerintahan yang bersumber pada isi kebijakan, implementasi kebijakan dan gambaran masa depan yang problematik.

Penelitian ini merekomendasikan perbaikan dan harmonisasi kebijakan, pengembangan Grand Design, peningkatan kesepahaman para stakeholder, peningkatan sarana-prasarana, reorganisasi dan peningkatan kewenangan BNPP, dan pengembangan skenario dengan variabel yang lebih lengkap, serta penyempurnaan kebijakan strategis terus-menerus berdasarkan skenario terbaik. Implikasi teoritik penelitian ini adalah perlu dikembangkan lebih lanjut penelitian kebijakan pengelolaan kawasan perbatasan dan sintesa teoritik dalam penelitian kebijakan yang mendasarkan pada teori struktur dan kontekstualisasi kebijakan, teori evaluasi kebijakan dan teori reformasi teritorial.