Brigjen TNI Soeharto, tokoh kunci dalam Operasi Mandala ini ditunjuk sebagai Pangllima Komando Mandala pada 11 Januari 1962.
Pelantikan dilakukan oleh Presiden Soekarno di Istana Bogor pada 13 Januari 1962 dan pangkatnya dinaikkan satu tingkat menjadi Mayor Jenderal (Mayjen). Tugasnya adalah mempersiapkan pasukan untuk merebut Irian Barat,apabila jalan diplomasi mengalami kemacetan.
Mayjen Soeharto selain bertanggung jawab bidang operasional dan strategi, juga bertanggung jawab pada logistik dan berkedudukan langsung di bawah Panglima Besar Komando Tertinggi pembebasan Irian Barat yang dirangkap oleh Presiden Soekarno.
Strategi militer yang diterapkan ada tiga tahap yaitu infiltrasi, eksploitasi, dan konsolidasi dipersiapkan. Fase infiltrasi dimulai sejak dikumandangkan Trikora pada 19 Desember 1961 dan akan berakhir pada akhir tahun 1962. Pada 7 April 1962 fase infiltrasi dipercepat sampai tanggal 1 Juni 1962 dan Operasi Militer Terbatas (B-2) dengan sasaran dimana dari Fak Fak dipersiapkan. Selanjutnya tanggal 28 Mei 1962, diadakan perubahan Operasi Militer Terbatas (B-2) dengan sasaran kaimana dan Fak Fak dirubah menjadi Operasi Militer Terbuka (B-1) dengan sasaran Biak yang diberikan nama sandi Operasi Djayawijaya dengan hari "H" tanggal 12 Agustus 1962.